Eksploracja regionów bogatych w geny u gatunku o dużym genomie (Secale cereale L.)
z wykorzystaniem markerów DArT

Projekt NCN Opus 2 nr 2011/03/B/NZ2/02480 , 2012-2016

 

Celem projektu była ukierunkowana eksploracja bogatych w geny rejonów genomu żyta, wykorzystująca metodę Diversity Arrays Technology (DArT).

Projekt ten obejmował:

-          Zakotwiczenie klonów biblioteki BAC na konsensusowej mapie genetycznej o wysokiej gęstości

-          Sekwencjonowanie markerów DArT i analizę bioinformatyczną (adnotację funkcjonalną oraz mapowanie in silico uzyskanych sekwencji na referencyjnych genomach traw)

-          Zlokalizowanie wybranych markerów DArT na mapie cytogenetycznej żyta.

 

Koncepcja badań opierała się jest na fakcie, że bogate w geny rejonu genomu są hypometylowane i preferencyjnie analizowane markerami DArT, ponieważ metoda uzyskiwania markerów DArT obejmuje wykorzystanie enzymu PstI, wrażliwego na metylację CpNpG, a stwierdzono, że miejsca te są całkowicie zmetylowane u większość sekwencji powtarzalnych.

 

Zespół badawczy:

 

Kierownik: dr hab. Hanna Bolibok-Brągoszewska

 

Główni wykonawcy:            

·       dr Piotr Gawroński

·       dr Magdalena Pawełkowicz

·       dr Kohei Yagi

·       dr hab. Wojciech Pląder, prof. SGGW

 

Wyniki:

 

Publikacje:

·       Gawronski P, Pawelkowicz M, Tofil K, Uszynski G, Sharifova S, Ahluwalia S, Miroslaw T, Wedzony M, Kilian A and Bolibok-Bragoszewska H (2016). DArT Markers Effectively Target Gene Space in the Rye Genome. Front. Plant Sci. 7:1600. doi: 10.3389/fpls.2016.01600

 

Doniesienia konferencyjne:

·       Bolibok-Brągoszewska H, Gawroński P, Hawliczek-Strulak A, Borzęcka E, Tofil K, Yagi K, Pawełkowicz M, Schmittner K, Ringauf, A, Pląder W, 2016, Development of genomics resources in a large-genome, non-model species Secale cereale L. V Polski Kongres Genetyki,19-22 września Łódź. występienie ustne

·       Bolibok-Brągoszewska H, Targońska M, Gawroński P, Makowska B, Rakoczy-Trojanowska M, Stojałowski S, Uszyński G, Kilian A, 2015, Rye DArT arrays effectively anchor BACs onto genetic map, Eucarpia Cereals Section. International Conference on Rye Breeding and Genetics. 24-26. czerwca, Wrocław poster

·       Bolibok-Brągoszewska H, Gawroński P, Pawełkowicz M, Uszyński G, Ahluwalia S, Ceglińska A, Wróblewska J, Tyrka M, Wędzony M, Kilian A, 2015, DArT markers sequences facilitate functional, comparative and structural genomics of rye. Eucarpia Cereals Section. International Conference on Rye Breeding and Genetics, 24-26. czerwca, Wrocław, Polska.poster

·       Yagi K, Pląder W, Kilian A, Bolibok-Brągoszewska H, 2016, Toward DArT Marker-Based Integration of  Genetic and Cytogenetic Map in Rye. International Conference ‘Plant Genetics & Breeding Technologies II’, Wiedeń, Austria, 1-2 lutego, 2016. poster

 

Sekwencje w publicznych bazach danych:

W bazie GenBank zamieszczono sekwencje nukleotydowe 3586 markerów DArT (sumaryczna długość 1852190 pz, numer biblioteki LIBGSS_039286).